Микроскопы классической конструкции, или так называемые микроскопы прямого света, при всей их универсальности и широте применения имеют один большой недостаток, заключающийся в невозможности исследования объектов большой толщины и объектов изучения, помещенных в лабораторную посуду. Таких недостатков в полной мере лишены инвертированные микроскопы, которые успешно используются для исследования растительных, животных клеток и тканей, проводимых в таких областях науки, как вирусология, бактериология, молекулярная биология и репродукция.
Благодаря использованию принципиально измененной конструкции классического оптического прибора, инвертированные микроскопы позволяют проводить исследования объектов, помещенных в лабораторную посуду, использовать различные манипуляторы и изучать структуру достаточно крупных объектов.
Инвертированные микроскопы, если попытаться разобраться в их конструкции — это фактически перевернутые обычные микроскопы, в которых объект исследуется с нижней стороны. Таким образом, в качестве покровного стекла, которое не требуется для микроскопов подобной конструкции, используется прозрачное дно лабораторной посуды, через которое и ведется наблюдение.
В зависимости от своего назначения, как собственно и все остальные микроскопы, инвертированные их виды подразделяются на рабочие (лабораторные, рутинные) и исследовательские.
Особенностями инвертированных микроскопов являются: достаточно большой предметный стол, позволяющий устанавливать на него посуду любой формы и размера; увеличенное рабочее расстояние используемых объективов, а также и конденсоров, что позволяет проводить манипуляции с объектом исследования; наличие устройств для проведения исследований по методу фазового контраста, так как объекты исследования, в большинстве своем, прозрачные и малоконтрастные.